<div dir="ltr">Hi Aziz,<div><br></div><div>This seems like an MPI environment issue rather than a Slurm problem.</div><div><br></div><div>Make sure that MPI modules are loaded as well. You can see the list of loaded modules via `module list`. This should give you if SU2 dependencies are available in your runtime. If they are not loaded implicitly, you need to load them before you load SU2. You can then check with commands like `which mpirun` or `mpirun -V` to see if you have proper mpi runtime env.</div><div><br></div><div>By the way, even if your case runs fine, you won't be able to benefit from mpi because you're allocating a single process (--ntasks-per-node=1). Instead, get the whole node and use all physical cores (or run a scalability analysis and make a decision after that). </div><div><br></div><div>Hope this helps</div><div><br></div><div>Fatih</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 24, 2023 at 10:44 AM Aziz Ogutlu <<a href="mailto:aziz.ogutlu@eduline.com.tr">aziz.ogutlu@eduline.com.tr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  

    
  
  <div>
    <div>Hi there all,</div>
    <div>We're using Slurm 21.08 on Redhat 7.9 HPC cluster with OpenMPI
      4.0.3 + gcc 8.5.0.</div>
    <div>When we run command below for call SU2, we get an error
      message:</div>
    <div><br>
    </div>
    <div><i>$ srun -p defq --nodes=1 --ntasks-per-node=1 --time=01:00:00
        --pty bash -i</i></div>
    <div><i>$ module load su2/7.5.1</i></div>
    <div><i>$ SU2_CFD config.cfg</i><br>
    </div>
    <div><br>
    </div>
    <div><i>*** An error occurred in MPI_Init_thread</i></div>
    <div><i>*** on a NULL communicator</i></div>
    <div><i>*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator
        will now abort,</i></div>
    <div><i>***    and potentially your MPI job)</i></div>
    <div><i>[cnode003.hpc:17534] Local abort before MPI_INIT completed
        completed successfully, but am not able to aggregate error
        messages, and not able to guarantee that all other processes
        were killed!</i><font color="#888888"><font color="#888888"><font color="#888888"><br>
          </font></font></font></div>
    <p></p>
    <pre cols="72">-- 
Best regards,
Aziz Öğütlü

Eduline Bilişim Sanayi ve Ticaret Ltd. Şti.  <a href="http://www.eduline.com.tr" target="_blank">www.eduline.com.tr</a>
Merkez Mah. Ayazma Cad. No:37 Papirus Plaza
Kat:6 Ofis No:118 Kağıthane -  İstanbul - Türkiye 34406
Tel : +90 212 324 60 61     Cep: +90 541 350 40 72</pre>
  </div>

</blockquote></div>