<div dir="auto"><div>It sounds to me like configuration drift on your cluster. I would check that libpcre is actually (still?) Installed on all your cluster nodes. I'll bet if you check the node(s) where the jobs are failing, it's probably a particular subset of nodes, or even only a single node, and libpcre has some how disappeared from that node(s).</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Prentice<br><br><div class="gmail_quote" dir="auto"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 29, 2021, 12:43 PM Patrick Goetz <<a href="mailto:pgoetz@math.utexas.edu">pgoetz@math.utexas.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Could this be a function of the R script you're trying to run, or are <br>
you saying you get this error running the same script which works at <br>
other times?<br>
<br>
On 3/29/21 7:47 AM, Simon Andrews wrote:<br>
> I've got a weird problem on our slurm cluster.  If I submit lots of R <br>
> jobs to the queue then as soon as I've got more than about 7 of them <br>
> running at the same time I start to get failures, saying:<br>
> <br>
> /bi/apps/R/4.0.4/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared <br>
> libraries: libpcre2-8.so.0: cannot open shared object file: No such file <br>
> or directory<br>
> <br>
> ..which makes no sense because that library is definitely there, and <br>
> other jobs on the same nodes worked both before and after the failed <br>
> jobs.  I recently ran 500 identical jobs and 152 of them failed in this way.<br>
> <br>
> There are no errors in the log files on the compute nodes where this <br>
> failed and it happens across multiple nodes so it's not a single one <br>
> being strange.  The R binary is on an isilon network share, but the <br>
> libpcre2 library is on the local disk for the node.<br>
> <br>
> Anyone come across anything like this before?  Any suggestions for fixes?<br>
> <br>
> Thanks<br>
> <br>
> Simon.<br>
> <br>
> <br>
> This message is from an external sender. Learn more about why this <br>
> matters. <<a href="https://ut.service-now.com/sp?id=kb_article&number=KB0011401" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://ut.service-now.com/sp?id=kb_article&number=KB0011401</a>><br>
> <br>
> <br>
<br>
</blockquote></div></div></div>