<div dir="auto">R is single threaded.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 8 Oct 2020, 07:44 Diego Zuccato, <<a href="mailto:diego.zuccato@unibo.it">diego.zuccato@unibo.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Il 08/10/20 08:19, David Bellot ha scritto:<br>
<br>
> good spot. At least, scontrol show job is now saying that each job only<br>
> requires one "CPU", so it seems all the cores are treated the same way now.<br>
> Though I still have the problem of not using more than half the cores.<br>
> So I suppose it might be due to the way I submit (batchtools in this<br>
> case) the jobs.<br>
Maybe R is generating single-threaded code? In that case, only a single<br>
process can run on a given core at a time (processes does not share<br>
memory map, threads do, and on Intel CPUs there's a single MMU per core,<br>
not one per thread as in some AMDs).<br>
<br>
-- <br>
Diego Zuccato<br>
DIFA - Dip. di Fisica e Astronomia<br>
Servizi Informatici<br>
Alma Mater Studiorum - Università di Bologna<br>
V.le Berti-Pichat 6/2 - 40127 Bologna - Italy<br>
tel.: +39 051 20 95786<br>
<br>
</blockquote></div>