<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Excuse me, I see that "ulimit -a" shows unlimited virtual memory size when the user runs that on terminal. However, when he puts the command in sbatch script, the value is limited to about 40GB.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">[shams@hpc ~]$ ulimit -a<br>core file size          (blocks, -c) 0<br>data seg size           (kbytes, -d) unlimited<br>scheduling priority             (-e) 0<br>file size               (blocks, -f) unlimited<br>pending signals                 (-i) 256657<br>max locked memory       (kbytes, -l) unlimited<br>max memory size         (kbytes, -m) unlimited<br>open files                      (-n) 1024<br>pipe size            (512 bytes, -p) 8<br>POSIX message queues     (bytes, -q) 819200<br>real-time priority              (-r) 0<br>stack size              (kbytes, -s) 8192<br>cpu time               (seconds, -t) unlimited<br>max user processes              (-u) 4096<br>virtual memory          (kbytes, -v) unlimited<br>file locks                      (-x) unlimited</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">[shams@hpc ~]$ cat slurm_blast.sh<br>#!/bin/bash<br>#SBATCH --job-name=blast1<br>#SBATCH --output=my_blast.log<br>#SBATCH --partition=SEA<br>#SBATCH --account=fish<br>#SBATCH --mem=38GB<br>#SBATCH --nodelist=hpc<br>#SBATCH --nodes=1<br>#SBATCH --ntasks-per-node=2<br>export PATH=~/ncbi-blast-2.9.0+/bin:$PATH<br>ulimit -a | grep virtual<br>ulimit -v 146800640<br>ulimit -a | grep virtual<br>blastx -db ~/ncbi-blast-2.9.0+/bin/nr -query ~/khTrinityfilterless1.fasta -max_target_seqs 5 -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 2<br>[shams@hpc ~]$ sbatch slurm_blast.sh<br>Submitted batch job 304<br>[shams@hpc ~]$ cat my_blast.log<br>virtual memory          (kbytes, -v) 43830476<br>/var/spool/slurmd/job00304/slurm_script: line 13: ulimit: virtual memory: cannot modify limit: Operation not permitted<br>virtual memory          (kbytes, -v) 43830476<br>Error memory mapping:/home/shams/ncbi-blast-2.9.0+/bin/nr.52.psq openedFilesCount=151 threadID=0<br>Error: NCBI C++ Exception:<br>    T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_560232_130.14.18.6_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1552331742/c++/compilers/unix/../../src/corelib/ncbiobj.cpp", line 981: Critical: ncbi::CObject::ThrowNullPointerException() - Attempt to access NULL pointer.<br>     Stack trace:<br>      blastx ???:0 ncbi::CStackTraceImpl::CStackTraceImpl() offset=0x77 addr=0x1d95da7<br>      blastx ???:0 ncbi::CStackTrace::CStackTrace(std::string const&) offset=0x25 addr=0x1d98465<br>      blastx ???:0 ncbi::CException::x_GetStackTrace() offset=0xA0 addr=0x1ec7330<br>      blastx ???:0 ncbi::CException::SetSeverity(ncbi::EDiagSev) offset=0x49 addr=0x1ec2169<br>      blastx ???:0 ncbi::CObject::ThrowNullPointerException() offset=0x2D2 addr=0x1f42582<br>      blastx ???:0 ncbi::blast::CBlastTracebackSearch::Run() offset=0x61C addr=0xf2929c<br>      blastx ???:0 ncbi::blast::CLocalBlast::Run() offset=0x404 addr=0xed4684<br>      blastx ???:0 CBlastxApp::Run() offset=0xC9C addr=0x9cbf7c<br>      blastx ???:0 ncbi::CNcbiApplication::x_TryMain(ncbi::EAppDiagStream, char const*, int*, bool*) offset=0x8E3 addr=0x1da0e13<br>      blastx ???:0 ncbi::CNcbiApplication::AppMain(int, char const* const*, char const* const*, ncbi::EAppDiagStream, char const*, std::string const&) offset=0x782 addr=0x1d9f6b2<br>      blastx ???:0 main offset=0x5E5 addr=0x9caa05<br>      /lib64/libc.so.6 ???:0 __libc_start_main offset=0xF5 addr=0x7ff1d519e505<br>      blastx ???:0 blastx() [0x9ca345] offset=0x0 addr=0x9ca345<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Moreover, the user can not change the virtual size.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I really wonder how can I  tell slurm not to change that parameter!!</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div><br></div><br></div>