<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Although I can run the blastx command on terminal on all nodes, I can not use slurm for that due to a so called "memory map error".</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Please see below that I pressed ^C after some seconds when running via terminal.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Fri Jan 24 15:29:57 +0330 2020<br>[shams@hpc ~]$ blastx -db ~/ncbi-blast-2.9.0+/bin/nr -query ~/khTrinityfilterless1.fasta -max_target_seqs 5 -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 2<br>^C<br>[shams@hpc ~]$ date<br>Fri Jan 24 15:30:09 +0330 2020</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">However, the following script fails</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">[shams@hpc ~]$ cat slurm_blast.sh<br>#!/bin/bash<br>#SBATCH --job-name=blast1<br>#SBATCH --output=my_blast.log<br>#SBATCH --partition=SEA<br>#SBATCH --account=fish<br>#SBATCH --mem=38GB<br>#SBATCH --nodelist=hpc<br>#SBATCH --nodes=1<br>#SBATCH --ntasks-per-node=2<br><br>export PATH=~/ncbi-blast-2.9.0+/bin:$PATH<br>blastx -db ~/ncbi-blast-2.9.0+/bin/nr -query ~/khTrinityfilterless1.fasta -max_target_seqs 5 -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 2<br>[shams@hpc ~]$ sbatch slurm_blast.sh<br>Submitted batch job 284<br>[shams@hpc ~]$ cat my_blast.log<br>Error memory mapping:/home/shams/ncbi-blast-2.9.0+/bin/nr.52.psq openedFilesCount=151 threadID=0<br>Error: NCBI C++ Exception:<br>    T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_560232_130.14.18.6_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1552331742/c++/compilers/unix/../../src/corelib/ncbiobj.cpp", line 981: Critical: ncbi::CObject::ThrowNullPointerException() - Attempt to access NULL pointer.<br>     Stack trace:<br>      blastx ???:0 ncbi::CStackTraceImpl::CStackTraceImpl() offset=0x77 addr=0x1d95da7<br>      blastx ???:0 ncbi::CStackTrace::CStackTrace(std::string const&) offset=0x25 addr=0x1d98465<br>      blastx ???:0 ncbi::CException::x_GetStackTrace() offset=0xA0 addr=0x1ec7330<br>      blastx ???:0 ncbi::CException::SetSeverity(ncbi::EDiagSev) offset=0x49 addr=0x1ec2169<br>      blastx ???:0 ncbi::CObject::ThrowNullPointerException() offset=0x2D2 addr=0x1f42582<br>      blastx ???:0 ncbi::blast::CBlastTracebackSearch::Run() offset=0x61C addr=0xf2929c<br>      blastx ???:0 ncbi::blast::CLocalBlast::Run() offset=0x404 addr=0xed4684<br>      blastx ???:0 CBlastxApp::Run() offset=0xC9C addr=0x9cbf7c<br>      blastx ???:0 ncbi::CNcbiApplication::x_TryMain(ncbi::EAppDiagStream, char const*, int*, bool*) offset=0x8E3 addr=0x1da0e13<br>      blastx ???:0 ncbi::CNcbiApplication::AppMain(int, char const* const*, char const* const*, ncbi::EAppDiagStream, char const*, std::string const&) offset=0x782 addr=0x1d9f6b2<br>      blastx ???:0 main offset=0x5E5 addr=0x9caa05<br>      /lib64/libc.so.6 ???:0 __libc_start_main offset=0xF5 addr=0x7f9a0fb3e505<br>      blastx ???:0 blastx() [0x9ca345] offset=0x0 addr=0x9ca345<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Any idea about that?</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div></div>