<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello,</div><div dir="ltr"><br></div><div>Are you sure you're NOT getting 1 CPU when you run your job? You might want to put some echo logic into your job to look at Slurm env variables of the node your job lands on as a way of checking. E.g.:</div><div><br></div><div style="margin-left:40px">echo $SLURM_CPUS_ON_NODE<br>echo $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE</div><div><br></div><div>I don't see anything wrong with your script. As a test I took the basic parameters you've outlined and ran an interactive `srun` session, requesting 1 CPU per task and 4 CPUs per task, and then looked at the aforementioned variable output within each session. For example, requesting 1 CPU per task:<br></div><div><br></div><div style="margin-left:40px">[drhey@beta-login ~]$ srun --cpus-per-task=1 --ntasks-per-node=1 --partition=standard --mem=1G --pty bash<br>[drhey@bn19 ~]$ echo $SLURM_CPUS_ON_NODE<br>1</div><div><br></div><div>And again, running this command now asking for 4 CPUs per task and then echoing the env var:</div><div><br></div><div style="margin-left:40px">[drhey@beta-login ~]$ srun --cpus-per-task=4 --ntasks-per-node=1 --partition=standard --mem=1G --pty bash<br>[drhey@bn19 ~]$ echo $SLURM_CPUS_ON_NODE<br>4</div></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">HTH!</div><div dir="ltr"><br></div><div>David<br></div><div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 13, 2019 at 9:24 PM Wang, Liaoyuan <<a href="mailto:wangly@alfred.edu">wangly@alfred.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-US">
<div class="gmail-m_-1500121463673115897WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif">Dear there,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif">I wrote an analytic program to analyze my data. The analysis costs around twenty days to analyze all data for one species. When I submit my job to the cluster, it always
 request one node instead of one CPU. I am wondering how I can ONLY request one CPU using “sbatch” command? Below is my batch file. Any comments and help would be highly appreciated.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif">Appreciatively,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif">Leon<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif">================================================<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:rgb(102,102,102)">#!/bin/sh
<br>
<br>
#SBATCH --ntasks=1 <br>
#SBATCH --cpus-per-task=1 <br>
#SBATCH -t 45-00:00:00 <br>
#SBATCH -J 9625%j <br>
#SBATCH -o 9625.out <br>
#SBATCH -e 9625.err <br>
<br>
/home/scripts/<a href="http://wcnqn.auto.pl" target="_blank">wcnqn.auto.pl</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:rgb(102,102,102)">===========================================<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:rgb(102,102,102)">Where <a href="http://wcnqn.auto.pl" target="_blank">wcnqn.auto.pl</a> is my program. 9625 denotes the species number.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:14pt;font-family:"Times New Roman",serif"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">David Rhey<br>---------------</div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Advanced Research Computing - Technology Services</span></div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">University of Michigan</span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>