<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Thanks for the hint. In fact the siesta user wasted my time too!!</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">:/<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Jul 22, 2018 at 11:13 PM, Renfro, Michael <span dir="ltr"><<a href="mailto:Renfro@tntech.edu" target="_blank">Renfro@tntech.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">You’re getting the same fundamental error in both the interactive and batch version, though.<br>
<br>
The ‘reinit: Reading from standard input’ line seemed off, since you were providing an argument for the input file. But all the references I find to running Siesta in their manual (section 3 and section 16) show something more like:<br>
<span class=""><br>
  mpirun -np 4 /share/apps/chem/siesta-4.0.2/<wbr>spar/siesta < dimer1prime.fdf > dimer1prime.out<br>
<br>
</span>and those examples line up with the idea that Siesta reads its commands from standard input, not by literally opening an input file specified as a command-line argument.<br>
<br>
If the version of the command using < and > works correctly, then it’s definitely not a Slurm issue, it’s an issue with how you invoked Siesta.<br></blockquote></div><br></div></div>