<div dir="ltr"><div>Mahmood,</div><div>  I am sure you have checked this.  Try running    ps -eaf --forest   while a job is running.</div><div>I often find the --forest option helps to understand how batch jobs are being run.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 11 July 2018 at 09:12, Mahmood Naderan <span dir="ltr"><<a href="mailto:mahmood.nt@gmail.com" target="_blank">mahmood.nt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class=""><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">>Check the Gaussian log file for mention of its using just 8 CPUs-- just 
because there are 12 CPUs available doesn't mean the program uses all of >them.  It will scale-back if 12 isn't a good match to the problem as I 
recall.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div></span><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Well, in the log file, it says</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"> *****************************<wbr>*************<br> %nprocshared=12<br> Will use up to   12 processors via shared memory.<br> %mem=18GB<br> %chk=trimer.chk<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Maybe, it scales down to a good match. But I haven't seen that before. That was why I asked the question.</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">One more question. Does it matter if the user specify (or not specify) --account in the sbatch script?</div><span class=""><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><div class="gmail_default">[root@rocks7 ~]# sacctmgr list association format=partition,account,user,<wbr>grptres,maxwall<br> Partition    Account       User       GrpTRES     MaxWall <br>---------- ---------- ---------- ------------- ----------- <br>   emerald         z3 noor cpu=12,mem=1+ 30-00:00:00 <br><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">[noor@rocks7 ~]$ grep nprocshared trimer.gjf<br>%nprocshared=12<br>[noor@rocks7 ~]$ cat trimer.sh<br>#!/bin/bash<br>#SBATCH --output=trimer.out<br>#SBATCH --job-name=trimer<br>#SBATCH --ntasks=12<br>#SBATCH --mem=18GB<br>#SBATCH --partition=EMERALD<br>g09 trimer.gjf<br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div></span><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-2132159865341677283gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br></div></div></div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>