Hi, <div><br></div><div>Home directory are also shared among all nodes (and head one as well). The base system (that is, local drive, including os, system files, etc) are identical and cloned based among all the hosts. If I need to install some light package (dev version of a library for example or similar) I install it over all the nodes with, for example, ansible, but this is not usual and 99% of apps, libraries or wathever, are installed on a shared location and managed with lmod. </div><div><br></div><div>Regards <br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El sáb., 12 may. 2018 6:06, Eric F. Alemany <<a href="mailto:ealemany@stanford.edu">ealemany@stanford.edu</a>> escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
HI Miguel,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your comment. That sounds pretty straight forward.</div>
<div>you never had issues with programs relying on the system files or relying on the home directory location?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks</div></div><div style="word-wrap:break-word">
<div>Eric </div>
</div><div style="word-wrap:break-word"><div>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word">
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">_____________________________________________________________________________________________________</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><b>
<div><b style="text-align:-webkit-auto">Eric F.  Alemany</b></div>
</b>
<div><i style="text-align:-webkit-auto">System Administrator for Research</i></div>
</span>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Division of Radiation & Cancer  Biology</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Department of Radiation Oncology</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Stanford University School of Medicine</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Stanford, California 94305</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><font style="text-align:-webkit-auto">Tel:</font><a href="tel:1-650-498-7969" style="text-align:-webkit-auto" target="_blank">1-650-498-7969</a><font style="text-align:-webkit-auto"> 
 No Texting</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><font style="text-align:-webkit-auto">Fax:</font><a href="tel:1-650-723-7382" style="text-align:-webkit-auto" target="_blank">1-650-723-7382</a></span></div>
<div><br>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<font style="background-color:rgba(255,255,255,0)"></font></div>
</div>
</div>
<br class="m_-8790202549943217013Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><div>
<blockquote type="cite">
<div>On May 10, 2018, at 11:55 PM, Miguel Gutiérrez Páez <<a href="mailto:mgutierrez@gmail.com" target="_blank">mgutierrez@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_-8790202549943217013Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Hi,<br>
<br>
</div>
I install all my apps in a shared storage, and change environment variables (path, vars, etc.) with lmod. It's very useful.<br>
<br>
</div>
Regards.<br>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr">El vie., 11 may. 2018 a las 6:19, Eric F. Alemany (<<a href="mailto:ealemany@stanford.edu" target="_blank">ealemany@stanford.edu</a>>) escribió:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Hi Lachlan,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for sharing your environment. Everyone has their own set of rules and i appreciate everyone’s input.</div>
<div>It seems as if the NFS share is a great place to start.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Eric</div>
<div></div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word">
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">_____________________________________________________________________________________________________</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><b>
<div><b style="text-align:-webkit-auto">Eric F.  Alemany</b></div>
</b>
<div><i style="text-align:-webkit-auto">System Administrator for Research</i></div>
</span>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Division of Radiation & Cancer  Biology</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Department of Radiation Oncology</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Stanford University School of Medicine</span></div>
<div><span style="text-align:-webkit-auto;background-color:rgba(255,255,255,0)">Stanford, California 94305</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><font style="text-align:-webkit-auto">Tel:</font><a href="tel:1-650-498-7969" style="text-align:-webkit-auto" target="_blank">1-650-498-7969</a><font style="text-align:-webkit-auto"> 
 No Texting</font></span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><font style="text-align:-webkit-auto">Fax:</font><a href="tel:1-650-723-7382" style="text-align:-webkit-auto" target="_blank">1-650-723-7382</a></span></div>
<div><br>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word"><font style="background-color:rgba(255,255,255,0)"></font></div>
</div>
</div>
<br class="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</div>
</div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On May 10, 2018, at 4:23 PM, Lachlan Musicman <<a href="mailto:datakid@gmail.com" target="_blank">datakid@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On 11 May 2018 at 01:35, Eric F. Alemany <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ealemany@stanford.edu" target="_blank">ealemany@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="auto">
<div>Hi All,</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature"><br>
</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">I know this might sounds as a very basic question: where in the cluster should I install Python and R?</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">Headnode?</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">Execute nodes ?</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature"><br>
</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">And is there a particular directory (path) I need to install Python and R.<br>
<br>
Background:</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">SLURM on Ubuntu 18.04</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">1 headnode </div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">4 execute nodes</div>
<div id="m_-8790202549943217013m_7148566682384290610m_6404797890502024991AppleMailSignature">NFS shared drive among all nodes.</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_extra">Eric,<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_extra">To echo the others: we have a /binaries nfs share that utilises the standard Environment Modules software so that researchers can manipulate their $PATH on the fly with module load/module unload. That share is mounted on all the nodes.<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_extra">For Python, I use virtualenv's but instead of activating, the path is changed by the Module file. Personally, I find conda doesn't work very well in a shared environment. It's fine on a personal level/<br>
<br>
</div>
<div class="gmail_extra">For R, we have resorted to only installing the main point release because we have >700 libraries installed within R and I don't want to reinstall them every time. We do also have packrat installed so researchers can install their own
 libraries locally as well. <br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra"></div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra">Cheers<br>
</div>
<div class="gmail_extra">L.<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div></div></blockquote></div></div>