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</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Lachlan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for sharing your environment. Everyone has their own set of rules and i appreciate everyone’s input.</div>
<div class="">It seems as if the NFS share is a great place to start.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Eric</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="text-align: -webkit-auto; orphans: 2; widows: 2; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="text-align: -webkit-auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class="">_____________________________________________________________________________________________________</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><br class="">
</span></div>
<span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><b class="">
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><b style="text-align: -webkit-auto;" class="">Eric F.  Alemany</b></div>
</b>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><i style="text-align: -webkit-auto;" class="">System Administrator for Research</i></div>
</span>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><br class="">
</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="text-align: -webkit-auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class="">Division of Radiation & Cancer  Biology</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="text-align: -webkit-auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class="">Department of Radiation Oncology</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><br class="">
</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="text-align: -webkit-auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class="">Stanford University School of Medicine</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="text-align: -webkit-auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class="">Stanford, California 94305</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><br class="">
</span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><font style="text-align: -webkit-auto;" class="">Tel:</font><a href="tel:1-650-498-7969" x-apple-data-detectors="true" x-apple-data-detectors-type="telephone" x-apple-data-detectors-result="1" style="text-align: -webkit-auto;" class="">1-650-498-7969</a><font style="text-align: -webkit-auto;" class=""> 
 No Texting</font></span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><span style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""><font style="text-align: -webkit-auto;" class="">Fax:</font><a href="tel:1-650-723-7382" x-apple-data-detectors="true" x-apple-data-detectors-type="telephone" x-apple-data-detectors-result="2" style="text-align: -webkit-auto;" class="">1-650-723-7382</a></span></div>
<div style="orphans: auto; widows: auto;" class=""><br class="">
</div>
</div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<font style="background-color: rgba(255, 255, 255, 0);" class=""></font></div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 10, 2018, at 4:23 PM, Lachlan Musicman <<a href="mailto:datakid@gmail.com" class="">datakid@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On 11 May 2018 at 01:35, Eric F. Alemany <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:ealemany@stanford.edu" target="_blank" class="">ealemany@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="auto" class="">
<div class="">Hi All,</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class=""><br class="">
</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">I know this might sounds as a very basic question: where in the cluster should I install Python and R?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">Headnode?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">Execute nodes ?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class=""><br class="">
</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">And is there a particular directory (path) I need to install Python and R.<br class="">
<br class="">
Background:</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">SLURM on Ubuntu 18.04</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">1 headnode </div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">4 execute nodes</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature" class="">NFS shared drive among all nodes.</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">Eric,<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">To echo the others: we have a /binaries nfs share that utilises the standard Environment Modules software so that researchers can manipulate their $PATH on the fly with module load/module unload. That share is mounted on all the nodes.<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">For Python, I use virtualenv's but instead of activating, the path is changed by the Module file. Personally, I find conda doesn't work very well in a shared environment. It's fine on a personal level/<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">For R, we have resorted to only installing the main point release because we have >700 libraries installed within R and I don't want to reinstall them every time. We do also have packrat installed so researchers can install their own
 libraries locally as well. <br class="">
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
</div>
<div class="gmail_extra"></div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">Cheers<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra">L.<br class="">
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>