<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On 11 May 2018 at 01:35, Eric F. Alemany <span dir="ltr"><<a href="mailto:ealemany@stanford.edu" target="_blank">ealemany@stanford.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="auto">
<div>Hi All,</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature"><br>
</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">I know this might sounds as a very basic question: where in the cluster should I install Python and R?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">Headnode?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">Execute nodes ?</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature"><br>
</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">And is there a particular directory (path) I need to install Python and R.<br>
<br>
Background:</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">SLURM on Ubuntu 18.04</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">1 headnode </div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">4 execute nodes</div>
<div id="m_6404797890502024991AppleMailSignature">NFS shared drive among all nodes.</div>
</div></blockquote></div><br><br></div><div class="gmail_extra">Eric,<br><br></div><div class="gmail_extra">To echo the others: we have a /binaries nfs share that utilises the standard Environment Modules software so that researchers can manipulate their $PATH on the fly with module load/module unload. That share is mounted on all the nodes.<br><br></div><div class="gmail_extra">For Python, I use virtualenv's but instead of activating, the path is changed by the Module file. Personally, I find conda doesn't work very well in a shared environment. It's fine on a personal level/<br><br></div><div class="gmail_extra">For R, we have resorted to only installing the main point release because we have >700 libraries installed within R and I don't want to reinstall them every time. We do also have packrat installed so researchers can install their own libraries locally as well. <br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Cheers<br></div><div class="gmail_extra">L.<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><br></div></div>