<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>I don't believe that is possible.  <br></div>The #SBATCH lines are comments to the shell, so it does not do any variable expansion there.<br></div>To my knowledge, Slurm does not do any variable expansion in the parameters either.<br><br></div>If you really needed that sort of functionality, you would probably need to have something else<br></div>pre-process the input submission script to produce the real submission script which is then passed<br></div>to sbatch.  E.g. something along the lines of<br></div>cat - <<EOF > preprocess-sbatch<br></div>#!/bin/bash<br>SCRIPT="$1"<br>shift<br>sed -e "s/\$SCRATCH/$SCRATCH/g" < $SCRIPT | cat "$@"<br></div>EOF<br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 10, 2018 at 9:19 AM, Dmitri Chebotarov <span dir="ltr"><<a href="mailto:dchebota@gmu.edu" target="_blank">dchebota@gmu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello<br>
<br>
Is it possible to access environment variables in a submit script?<br>
F.e. $SCRATCH is set to a path and I like to use $SCRATCH variable in #SBATCH:<br>
<br>
#SBATCH --output=$SCRATCH/slurm/%j.out<br>
#SBATCH --error=$SCRATCH/slurm/%j.err<br>
<br>
Since it's Bash script, # are ignored and I suspect these variables need to be defined on Slurm controller (?).<br>
<br>
As a workaround I can run 'sbatch --output=$SCRATCH/slurm/%j.out --error=$SCRATCH/slurm/%j.err <myscript>' and it works. But is there any way to use non-slurm env variables via #SBATCH? <br>
<br>
Thank you<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Tom Payerle <br>DIT-ACIGS/Mid-Atlantic Crossroads        <a href="mailto:payerle@umd.edu" target="_blank">payerle@umd.edu</a><br></div><div>5825 University Research Park               (301) 405-6135<br></div><div dir="ltr">University of Maryland<br>College Park, MD 20740-3831<br></div></div></div></div></div></div>
</div>