<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hi again<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I tried with --mem=2000M in the slurm script and put strace command in front of g09. Please see some last lines<br><br><br>fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0664, st_size=0, ...}) = 0<br>fstat(0, {st_mode=S_IFREG|0664, st_size=6542, ...}) = 0<br>mmap(NULL, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_ANONYMOUS, -1, 0) = 0x7fc647a3f000<br>read(0, "%nprocshared=2\r\n%mem=1GB\r\n# mp2/"..., 8192) = 6542<br>lseek(3, 0, SEEK_CUR)                   = 0<br>fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0664, st_size=0, ...}) = 0<br>mmap(NULL, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_ANONYMOUS, -1, 0) = 0x7fc647a3d000<br>fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0664, st_size=0, ...}) = 0<br>lseek(3, 0, SEEK_SET)                   = 0<br>read(0, "", 8192)                       = 0<br>write(3, "%nprocshared=2\n%mem=1GB\n# mp2/ge"..., 5668) = 5668<br>close(3)                                = 0<br>munmap(0x7fc647a3d000, 8192)            = 0<br>geteuid()                               = 1000<br>stat("/usr/local/chem/g09-64-D01/l1.exe", {st_mode=S_IFREG|0751, st_size=1673376, ...}) = 0<br>write(1, " Entering Gaussian System, Link "..., 212) = 212<br>rt_sigaction(SIGINT, {SIG_IGN, [], SA_RESTORER, 0x7fc646f69270}, {SIG_DFL, [], 0}, 8) = 0<br>rt_sigaction(SIGQUIT, {SIG_IGN, [], SA_RESTORER, 0x7fc646f69270}, {SIG_DFL, [], 0}, 8) = 0<br>rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, [CHLD], [], 8) = 0<br>clone(child_stack=0, flags=CLONE_PARENT_SETTID|SIGCHLD, parent_tidptr=0x7fffe75ed3b0) = 2818<br>wait4(2818, galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory<br>[{WIFSIGNALED(s) && WTERMSIG(s) == SIGSEGV}], 0, NULL) = 2818<br>rt_sigaction(SIGINT, {SIG_DFL, [], SA_RESTORER, 0x7fc646f69270}, NULL, 8) = 0<br>rt_sigaction(SIGQUIT, {SIG_DFL, [], SA_RESTORER, 0x7fc646f69270}, NULL, 8) = 0<br>rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0<br>--- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_KILLED, si_pid=2818, si_uid=1000, si_status=SIGSEGV, si_utime=9, si_stime=4} ---<br>access("/home/mahmood/Gaussian/scratch/Gau-2817.inp", F_OK) = 0<br>unlink("/home/mahmood/Gaussian/scratch/Gau-2817.inp") = 0<br>exit_group(1)                           = ?<br>+++ exited with 1 +++<br><br><br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I think that slurm wrongly detect/set the memory requirements. Maybe it put a limit and therefore g09 is unable to allocate the required space. I say that because, I can directly ssh to that node and run the program with no error.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Any idea? <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br><br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma,sans-serif">Regards,<br>Mahmood</font><br><br><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 14, 2018 at 1:44 AM, Mahmood Naderan <span dir="ltr"><<a href="mailto:mahmood.nt@gmail.com" target="_blank">mahmood.nt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Excuse me, but it doesn't work. I set --mem to 2GB and I put free<br>
command in the script. I don't know why it failed.<br>
<br>
[mahmood@rocks7 ~]$ sbatch sl.sh<br>
Submitted batch job 19<br>
[mahmood@rocks7 ~]$ squeue<br>
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES<br>
NODELIST(REASON)<br>
[mahmood@rocks7 ~]$ cat test.out<br>
compute-0-1.local<br>
              total        used        free      shared  buff/cache   available<br>
Mem:           7.6G        127M        6.8G        8.5M        729M        7.3G<br>
Swap:          2.4G          0B        2.4G<br>
<span class="">galloc:  could not allocate memory.: Cannot allocate memory<br>
</span>[mahmood@rocks7 ~]$ head -n 4 test.gjf<br>
%nprocshared=2<br>
%mem=1GB<br>
# mp2/gen pseudo=read opt freq<br>
<br>
[mahmood@rocks7 ~]$ cat sl.sh<br>
#!/bin/bash<br>
#SBATCH --output=test.out<br>
#SBATCH --job-name=ga-test<br>
<span class="">#SBATCH --nodelist=compute-0-1<br>
#SBATCH --ntasks=1<br>
#SBATCH --cpus-per-task=2<br>
</span>#SBATCH --mem=2GB<br>
hostname<br>
free -mh<br>
g09 test.gjf<br>
[mahmood@rocks7 ~]$<br>
Regards,<br>
Mahmood<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br></div></div></blockquote></div><br></div></div>